Kurumumuzun, 5996 Sayılı Kanunun 4, 6 ve 22. maddeleri, Veteriner Sınır Kontrol Noktası Müdürlüğü Görev ve Çalışma Esaslarına dair yönetmelik ve Avrupa Birliği mevzuatları çerçevesinde 29.11.2013 tarih ve 28839 sayılı Resmi Gazete de yayınlanan Bakanlar Kurulu Kararına istinaden kurulması kararlaştırılmıştır. 17.07.2014 tarihinde kurulum süreci başlatılmış ve 2014 Yılı Ağustos ayında hizmet vermeye başlamıştır.