Ülkemize giriş yapan canlı hayvan, hayvansal yan ürünler dahil tüm hayvansal ürün ve hastalık bulaştırma riski olan sap, saman gibi bir takım bitkisel ürünlerin kalite ve sağlık yönünden kontrollerinin yapılarak insan ve hayvan sağlığının korunmasını sağlamak ve hayvan hastalıklarının yayılması riskini azaltmak, dış sınırlarda idari kapasiteyi güçlendirmek suretiyle veteriner kontrol hizmetlerini desteklemek ve yürütülen veteriner kontrollerinin Avrupa Birliği mevzuatına paralel olarak yapılmasını sağlamaktır.