Veteriner Sınır Kontrol Noktası Müdürlüğünün görevleri aşağıda belirtilmiştir.

--- Canlı hayvan, tüm hayvansal ürünler ve hayvan hastalığı bulaştırma riski olan sap, saman gibi bitkisel ürünlerin ülkeye girişinde doküman kontrolü, kimlik kontrolü ve fiziksel kontroller gibi resmi kontrolleri yürütür.

--- Canlı hayvan, hayvansal ürün ve hayvan hastalığı bulaştırma riski olan sap, saman gibi bitkisel ürünlerin ülkeye girişinde yürütülen resmi kontroller sonucunda, insan ve hayvan sağlığı için tehlike arz eden şüpheli bir durumda ileri tetkikleri yapar veya yaptırılmasını sağlar. Tetkikler sonucunda uygunsuzluk tespit edilmesi durumunda gerekli önlemleri alır ve derhal Merkezi Yetkili Makama bilgi verir.

--- Canlı hayvan, hayvansal ürün ve hayvan hastalığı bulaştırma riski olan sap, saman gibi bitkisel ürünlerin ülkeye girişi yasaklı veya izinli olan ülke/bölge/işletmelerin güncel listesini, model veteriner sağlık sertifikalarını ve diğer belgeleri bulundurur.

--- Ülkeye canlı hayvan, hayvansal ürün ve hayvan hastalığı bulaştırma riski olan sap, saman gibi bitkisel ürünlerin girişini kısıtlayan ya da yasaklayan tüm kararların nüshalarını bulundurur.

--- Ülkedeki tüm veteriner sınır kontrol noktası müdürlükleri ile devamlı iletişim kurar ve mevcut veteriner sınır kontrol noktası müdürlüklerinin ayrıntılı listesini bulundurur.

--- Ülkedeki serbest bölgelerin, geçici depolama yerlerinin, gümrük antrepolarının ve gemi kumanyacılığı yapan işletmecilerin listelerini bulundurur, serbest bölgelerde yer alan hayvansal ürün depolayacak geçici depolama yerlerini ve gümrük antrepolarını onaylar, düzenli denetimini yapar ve kontrol kayıtlarını tutar.

--- Transit durumunda girişin yapılacağı veteriner sınır kontrol noktası müdürlüğündeki sorumlu personel sevkiyatın çıkışının yapılacağı veteriner sınır kontrol noktası müdürlüğüne sevkiyat hakkında detaylı bilgiyi iletir. Sevkiyatın çıkışını yapan veteriner sınır kontrol noktası müdürlüğündeki sorumlu personel sevkiyatın çıkış yaptığına dair bilgiyi giriş veteriner sınır kontrol noktası müdürlüğüne bildirir.

---  Ülkeye girişi gerçekleşmiş canlı hayvan, hayvansal ürün ve hayvan hastalığı bulaştırma riski olan sap, saman gibi bitkisel ürünlerin verilerini veteriner sınır kontrol noktası müdürlüğünde oluşturulmuş veritabanına girer, güncel kayıtlarını tutar.

---  Ülkeye girişine izin verilmeyerek geri gönderilen, imha edilen ya da özel işleme tabi tutulan bütün sevkiyatların kaydını tutar. Ülkeye girişi hayvan ve insan sağlığı yönünden tehlike oluşturması sebebiyle reddedilmiş bir sevkiyata ilişkin bilgiler Bakanlığa ve ülkedeki diğer veteriner sınır kontrol noktası müdürlüklerine derhal bildirilir

--- Laboratuvar testleri yapılması amacıyla veteriner sınır kontrol noktası müdürlüklerinde sevkiyatlardan alınan bütün numuneler ile istenilen laboratuvar testlerinin ayrıntıları ve bütün test sonuçlarının kaydını tutar.

---  İlgili Gümrük Müdürlüğü ve ilgili diğer kurum ve kuruluşlar ile sürekli işbirliği ve iletişim içinde bulunur.

---  Bakanlıkça verilecek diğer görevleri yerine getirir.