Kurumumuz,1985 yılında yapılan reorganizasyon ile İzmir Tahaffuzhane ve Gümrük Veteriner Müdürlüğü olarak kurulmuştur.
2009/15039 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile İzmir Veteriner Sınır Kontrol Noktası Müdürlüğü olarak faaliyetine devam etmektedir.