Hayvan Sağlığı ve Karantina Daire Başkanlığının görevleri şunlardır:
a) Hayvan hastalıkları ve zararlıları ile mücadele hizmetlerini yürütmek,
b) Kalkınma plan ve programlarına uygun olarak çiftlik hayvanları, ev ve süs hayvanları, gösteri ve fuar hayvanları, arı, balık, yaban hayvanları gibi her türlü hayvanın sağlığının korunması için politikaların tespitine yardımcı olmak, yıllık plan ve programları hazırlamak ve hazırlatmak, uygulamaya koymak ve programların yürütülmesini sağlamak,
c) Hastalıklar ile ilgili ari alanları belirlemek ve bu alanlarla ilgili her türlü tedbiri almak,
ç) 11/6/2010 tarihli ve 5996 sayılı Veteriner Hizmetleri, Bitki Sağlığı, Gıda ve Yem Kanunu kapsamında ihbarı mecburi ve tazminatlı hastalıkları tespit etmek, bu hastalıklarla ilgili mücadele esaslarını belirlemek,
d) Hayvan hastalıkları ile ilgili acil eylem planlarını yayımlamak ve uygulamak,
e) Hayvan hastalıkları ile ilgili her türlü epidemiyolojik çalışmaları yapmak ve yaptırmak, rutin ve özel raporlar hazırlamak ve hazırlatmak, uygulanacak projelerin fayda/maliyet analizlerini yapmak ve yaptırmak,
f) Hayvan hastalık ve zararlılarının yurt içindeki dağılımıyla ilgili verileri toplamak amacıyla hastalığın kontrolü ve eradikasyonu için programlar yapmak, yaptırmak ve izlemek, bu hizmetler ile ilgili veri tabanı oluşturmak, hayvan sağlığı bilgi sistemini kurmak ve kurdurmak, ülke geneline yayılmasını sağlamak, Bilgi İşlem Dairesi Başkanlığı ile koordineli olarak, buna ilişkin gerekli bilgisayar programlarını yapmak ve yaptırmak,
g) Hayvan hastalık ve zararlıları ile ilgili bütçe teklifini hazırlamak, bütçe uygulamalarını takip etmek, hayvan sağlığı hizmetleri için ihtiyaç duyulan personel, taşıt, alet, makine, malzeme, ekipman ve diğer girdileri tespit etmek, bunların temini için ilgili birimlerle işbirliği yapmak,
ğ) Hayvan sağlığına yönelik enstitü, laboratuvar ve benzeri tesislerin kurulması için teklifte bulunmak, izin vermek, kurulmasını sağlamak, kontrol ve denetimlerini koordine etmek,
h) Veteriner ve analiz laboratuvarları ve deney hayvanı Kuruluşlarının, Kuruluş ve çalışma izinlerini vermek, denetim ve kontrollerini yapmak, yaptırmak, teşhis, hastalık kontrol metotları konusunda laboratuvar hizmetlerine ilişkin yeni gelişmeleri ve teknolojileri takip etmek, bu konulardaki eğitim eksikliklerini gidermek amacıyla yurtiçi ve yurtdışı teklifler hazırlamak, laboratuvar çalışmaları ile ilgili mevzuat tekliflerini hazırlamak,
ı) Ülkenin hayvan sağlığı politikaları ve stratejilerinin tespiti için Bakanlık birimleri ve Bakanlık dışı Kuruluşlarla işbirliği yapmak, ikili ve çok taraflı anlaşmalar kapsamında hayvan sağlığı konusunda işbirliği ve koordinasyonu sağlamak, hayvan sağlığı hizmetlerine yönelik müzakere, çalışma ve değerlendirme toplantıları için çalışmalar yapmak, rapor hazırlamak, toplantılara iştirak etmek, diğer ülkelerdeki hayvan hastalıklarının durumlarını takip etmek,
i) Hayvan sağlığı konusunda eğitim eksikliklerini belirlemek, hizmet içi eğitim programlarını hazırlamak ve takip etmek,
j) Hayvanların tanımlanması, kayıt altına alınması, bunlara ilişkin veri tabanının oluşturulması ve işletilmesi, numaralandırma, adlandırma, tasma takma gibi işlemlerle tanımlanması ve sağlık kayıtlarının tutulması ile ilgili prensipleri belirlemek, buna yönelik faaliyetleri yapmak ve yaptırmak,
k) Canlı hayvanların, hayvansal yan ürünlerin ve üreme ürünlerinin sevk işlemlerini yürütmek, gerekli tedbirleri almak, alım ve satımlarının yapıldığı yerlerin denetimlerini yaptırmak, iç karantina şartlarını belirlemek, veteriner sağlık sertifikası düzenlemek, hayvan hareketlerini kontrol etmek,
l) Serbest Veteriner Hekimlik hizmetlerinin geliştirilmesi, muayenehane, klinik, poliklinik, hayvan hastanesi, ev ve süs hayvanı satış yerleri, hayvan eğitim ve barınma yerleri, otel hizmeti veren hayvan bakımevleri ile ilgili onay ve kayıt işlemlerini yürütmek ve bu konularda mevzuat çalışmaları yapmak,
m) Hayvan sağlığı hizmetleri ile ilgili tüm konularda mevzuat çalışmaları yapmak,
n) Türkiye Milli Zoonoz Komitesi faaliyetlerini yürütmek,
o) OIE (Dünya Hayvan Sağlığı Teşkilatı), FAO (Birleşmiş Milletler Gıda ve Tarım Örgütü), WHO(Dünya sağlık Örgütü), MZCC, İAEA, ECO, TAIEX gibi uluslararası Kuruluşlarla ilişkileri yürütmek ve Ülkemizdeki koordinasyonu sağlamak,
ö) Deney hayvanlarının refahı, nakil esnasında hayvan refahı ve çiftlik hayvanlarının refahı ile ilgili çalışmaları yürütmek,
p) Görev alanına giren konularda istatistikî verileri toplamak ve analiz etmek,
r) Genel Müdürlükçe verilecek benzeri görevleri yapmak.